Есть такое понятие, как народный фольклор, а если он ещё и связан с историческими фактами, то не вижу в этом ничего зазорного, ибо это вполне естественно:

Поселение современный Калининград было основано в 1255 году на месте древнего старопрусского поселения Твангсте тевтонскими рыцарями во время Северных крестовых походов и названо Кенигсбергом в честь короля Богемии Оттокара II.

Тут Магадан — иногда Магдебургом кличут, и ничего… хотя вообще связи никакой нет обоснованной…
Для меня вот больше странно, к примеру, когда урапатриотизм — патриотизмом называют…

Местное обиходное название города. Ничем не хуже чем Ёбург, Хабара и прочее. Просто для краткости. Никакого сепаратистского флера.
Некоторые называют Калик, таких банят. Согласись, звучит намного хуже чем Кёниг